2009年12月25日，包头市政府召开了第22次常务会议，通过《包头市新型农村合作医疗市级统筹实施方案》；12月29日，全市召开新农合市级统筹工作启动大会，全面部署新农合市级统筹工作各项任务；2010年1月1日正式启动了新型农村牧区合作医疗市级统筹工作。出台了《包头市新型农村牧区合作医疗监督管理暂行办法》、《包头市新型农村牧区合作医疗定点医疗机构管理暂行办法》、《包头市新型农村牧区合作医疗补偿诊疗和医疗服务项目管理暂行办法》等文件，并提出四项保障措施，完善新农合制度建设：一是提高筹资标准和报销比例。2010年，全市新农合筹资标准提高到160元，其中农牧民个人缴纳30元、各级财政补助130元。适当提高报销比例，同时进一步提高基本药物报销比例。二是签订服务协议书。新农合经办机构与定点医疗机构签订《包头市新型农村牧区合作医疗定点医疗机构医疗服务协议书》。进一步规范医疗服务行为，控制医药费用不合理增长。三是严格执行一系列新农合制度。新农合经办机构严格执行《新型农村合作医疗基金财务制度》、《新型农村合作医疗基金会计制度》、《内蒙古自治区新型农村牧区合作医疗基本药物目录（试行）》等制度，进一步规范新农合诊疗和药品使用，强化参合农牧民住院报销的审批程序，完善报销凭证审核制度，补偿过程全部实行计算机管理，确保新农合基金运行安全，满足农牧民基本医疗需求。四是全市实现新农合信息系统联网。作为全国第一个将所属旗县区全部纳入市级统筹管理的城市，包头市新农合基金实行统一管理使用，真正实现了统一收缴、统一拨付、统一监管，农牧民可以在出院时即时结报医药费用。

包头市卫生部门下发了《关于做好落实国家基本药物制度有关工作的通知》和《关于加强社区卫生服务机构落实国家基本药物制度的通知》，在政府举办的45个社区卫生服务中心和72个苏木乡镇卫生院实施国家基本药物制度，全市基层医疗卫生机构实行基本药物零差率销售，库存药品也全部按进价零差率销售。从3月4日开始，实行基本药物制度工作日报告、月报告制度，即每个工作日16时前和每月5日前，基层医疗卫生机构将当日和上月的基本药物制度实施情况报送市卫生局。全市积极推进药品网上集中采购工作，采取有效措施，确保及时签订并严格履行药品购销合同。截至目前，包头市基层医疗卫生机构已全部实行网上采购，采购金额达1.3亿元，配送金额达9630万元，入库金额达9042万元。