1.综合协调处。组织拟订区域经济合作规划和政策措施，统筹协调区域经济合作工作。落实国家区域协同发展战略，协调推进省际区域合作和协同发展工作，建立完善协同发展的体制机制。研究拟订并协调实施呼包鄂等盟市间协同发展战略、规划和政策措施。负责机关日常运转工作。

2.地区经济处。统筹研究全区区域协调发展的重大问题，推进落实国家和自治区区域协调发展战略，组织拟订区域协同发展规划和政策措施。协调全区国土整治、开发利用和保护政策。推进重点流域综合治理和流域经济发展。统筹推进国家级新区建设。

3.地区振兴处。推进实施东北振兴战略、规划及重大政策，组织开展与东北三省的合作交流。组织拟订老少边贫及其他特殊困难地区发展规划和政策，组织实施易地扶贫搬迁、以工代赈等工作。拟定并组织实施推进老工业城市及城区老工业区调整改造、资源型地区经济转型和采煤沉陷区及独立工矿区振兴方案、政策。落实生态保护补偿机制政策措施。配合国家开展重特大自然灾害灾后恢复重建规划编制等工作。

4.区域开放处。推进实施西部开发战略规划及重大政策，协调解决有关问题。推进自治区融入“一带一路”建设，协调推动中蒙俄经济走廊建设，承担国际经济交流合作相关工作。提出并推进实施沿边地区开发开放规划和政策措施。组织实施全区性投资促进活动。